A igreja localizada no Terreiro de Jesus, próxima à Catedral Basílica e à igreja de São Domingos, teve sua construção iniciada no final do século 18 e foi concluída quase cem anos depois, no final da década de 1880. O templo pertence à Irmandade de São Pedro dos Clérigos, associação religiosa formada por padres diocesanos, fundada em 1580. Foi listada como um bem histórico pelo Instituto Nacional do Patrimônio Histórico e Artístico (IPHAN) em 1938 e faz parte do Centro Histórico de Salvador, Patrimônio Mundial da UNESCO.
A arquitetura e a decoração da igreja mesclam dois estilos, o rococó e o neoclássico, o que pode ser observado nos altares e no arco do cruzeiro. O altar principal segue um desenho com certa inspiração em gravuras do artista jesuíta italiano Andrea Pozzo, que eram relativamente conhecidas no Brasil nos séculos 18 e 19. É complementado por dois altares na esquina do arco da capela central. A maioria das imagens sacras presentes nos altares são da segunda metade do século 18, dentre elas destaca-se a imagem de São Pedro, em tamanho natural com trajes papais.
A caçula das igrejas do Terreiro de Jesus
O templo de fachada simples foi erguido, provavelmente, para substituir a capela que estava localizada próximo ao Palácio Arquiepiscopal, na praça da Sé, que desmoronou após um desastre, ocorrido em 1797. Essa sede primitiva da Irmandade de São Pedro dos Clérigos fazia parte do cinturão de edificações assentadas sobre a encosta, na Cidade Alta, com os fundos voltados para a escarpa que descia, bruscamente, até a faixa de terra à beira da Baía de Todos os Santos.
A igreja de São Pedro dos Clérigos é a caçula das igrejas do Terreiro de Jesus, uma das áreas mais antigas de Salvador. O terreno ganhou esse nome por pertencer aos religiosos jesuítas que chegaram à Bahia no início da colonização do Brasil e ganharam essa área do governador geral, Tomé de Souza. Ali, foram construídas três importantes igrejas: a catedral de Salvador (antiga capela do colégio dos Jesuítas), a igreja de São Domingos e a igreja de São Pedro dos Clérigos.